Comunidade Terapêutica para tratamento intensivo de dependentes químicos adultos, do sexo masculino. Tem capacidade para 75 pacientes em regime de internação.

Para ser acolhido, é preciso primeiro passar em um dos 2 Ambulatórios de Álcool e Drogas ou 2 Centros de Triagem, mantidos pela Associação para avaliação e diagnóstico. Se o caso for para internação, o paciente será encaminhado para uma das 10 comunidades terapêuticas da entidade, de acordo com a disponibilidade de vagas.

O Lar São Francisco foi a primeira obra da Associação e Fraternidade. A casa é considerada a semente de toda a entidade; o lugar onde tudo começou.

Foi fundada em 1985 por Frei Francisco Belotti, na época ainda conhecido pelo seu nome civil, padre Nélio. A casa de madeira pré-moldada foi doada por um empresário de São José do Rio Preto. O terreno em Jaci foi doado por um benfeitor, e a comunidade da cidade ajudou na limpeza e preparação da terra, além da montagem da casa. O Lar São Francisco nascia da comunidade para a comunidade.  Iniciou suas atividades em 17 de julho de 1986, com a acolhida dos primeiros sete pacientes.

Anos mais tarde, outra casa foi construída para acolher mais e melhor os dependentes de álcool e outras drogas.